巢湖蓝藻一般在气温超过30度以后，就开始逐渐的出现，每年的6-8月份是集中爆发的时间。
水华是一种水体富营养化的现象，而蓝藻则是最主要的产物，悬浮在水面，将空气与水表隔绝，无法实现与空气的交换，水体量的溶氧量大减。另外蓝藻还向水体释放毒素，致水质进一步恶化。栖息在巢湖里的鱼群，要么活性下降，要么死亡。一旦爆发蓝藻，就意味着连续几年不会有好的产量。
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